排列
按时间顺序排列：对于同一类档案，按照其形成的时间先后顺序进行排列，能清晰地反映事物的发展过程。
按重要程度排列：将重要的档案排在前面，次要的排在后面，便于优先查阅重要档案。
按文号排列：按照文件的发文字号顺序排列，适用于有明确文号的档案，方便通过文号快速查找档案。
装订与装盒
装订：对于纸张较小或零散的文件，可采用装订机装订或线装的方式，使其成为一个整体，防止文件丢失。
装盒：将装订好的档案或单份档案装入档案盒，并在档案盒上标注档号、题名、年度等信息，便于存放和查找。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
按内容主题分类
问题分类法：依据档案所反映的主题内容进行分类，将同一问题或同一专题的档案集中整理。例如，企业关于产品研发的档案，可将涉及不同产品研发的市场调研、技术方案、实验数据等归为一类，便于集中查阅和研究相关问题。
事由分类法：按照档案所涉及的具体事件或事务进行分类。如在处理法律纠纷时，将与该纠纷相关的合同、往来信件、庭审记录等档案整理在一起，能呈现事件的起因、经过和结果。